В Городе-Академии, где наука и магия переплетаются, Тома Камидзё, обычный студент с необычной способностью аннулировать любую сверхъестественную силу, встречает Индекс Либрорум Прохибиторум, молодую девушку, вмещающую в себя 103 тысячи магических текстов. Их встреча становится началом опасного путешествия, полного интриг, сражений и разоблачений. Тома и Индекс вынуждены противостоять могущественным организациям, защищая друг друга и пытаясь разобраться в хитросплетениях магического и научного миров. Сериал исследует темы веры, науки, предрассудков и цены, которую приходится платить за знания и силу.